W homiliach Mszy za Ojczyznę z tamtego okresu ksiądz Jerzy był głosem pokrzywdzonych i represjonowanych. Przeciwstawiając się reżimowi, a jednocześnie nawołując do walki o prawdę bez stosowania przemocy, operując hasłem „zło dobrem zwyciężaj” zyskał podziw tysięcy rodaków. Tzw. „problem Popiełuszki” dla władz PRL przeistoczył się z problemu jednego kapłana w poważny dylemat polityczny. Nie pomagały szykany: groźby, prowokacje i medialne oszczerstwa. Ostatecznie „problem Popiełuszki” rozwiązano 19 października 1984 roku. Ksiądz Jerzy został uprowadzony i zamordowany, a jego ciało wrzucone do Wisły. Władze nie mogły zaprzeczyć udziałowi ofi cerów SB w zbrodni. Jej uczestnicy zostali osądzeni w tzw. procesie toruńskim i skazani na wieloletnie wyroki więzienia. Ustalenia tego procesu od początku jednak kwestionowano. Powszechnie uważano, że czterej skazani oficerowie SB nie byli wyłącznymi uczestnikami zbrodni, lecz działali na zlecenie pozostających w cieniu mocodawców, osób zajmujących najwyższe stanowiska w państwie. Pomimo licznych wątpliwości wersja ustalona w Toruniu przetrwała wiele lat, a samo zabójstwo przeszło do historii, jako najgłośniejsza, a zarazem najbardziej tajemnicza zbrodnia polityczna w powojennej Polsce. Oficjalnie „wersję toruńską” podważył dopiero prokurator Andrzej Witkowski, który z gronem współpracowników dokonał ustaleń całkowicie zmieniających dotychczasową wiedzę o zabójstwie księdza Popiełuszki oraz o jego zleceniodawcach i nadzorcach. W dynamicznie prowadzonym śledztwie prokurator od początku napotykał liczne przeszkody, decyzją zwierzchników dwukrotnie w kluczowych momentach śledztwo przerywano i ostatecznie Witkowskiemu odebrano. W efekcie choć od zbrodni minęło ćwierć wieku, a od rozpoczęcia mającego ją wyjaśnić śledztwa dwadzieścia jeden lat, tajemnica śmierci kapelana Solidarności do dziś nie została wyjaśniona. Do dnia dzisiejszego sprawa zamordowania księdza Jerzego Popiełuszki uważana jest za najbardziej tajemniczą zbrodnię polityczną w PRL.