Rozwój tradycji lotniczych Białej Podlaskiej przerwał wybuch II wojny światowej. Kilkudniowe niemieckie bombardowania na początku września 1939 r. niemal całkowicie zniszczyły fabrykę i przyległe lotnisko. Niemcy, przygotowując się do agresji na Polskę, organizowali dokładne rozpoznanie strategicznych dla obronności kraju obiektów wojskowych i przemysłowych. Głównymi celami ataków miało stać się m. in. lotnisko operacyjne w Małaszewiczach oraz Podlaska Wytwórnia Samolotów w Białej Podlaskiej. Wyraźne zagęszczenie lotów niemieckich samolotów zwiadowczych nad wytwórnią zarejestrowano już wczesną wiosną. W PWS istniała także, działająca niemal od początku istnienia fabryki, siatka agenturalna.
Wrześniowe naloty
O świcie 1 września 1939 r. pojawił się nad Podlaską Wytwórnią Samolotów nieoznakowany niemiecki samolot rozpoznawczo-bombowy, prawdopodobnie dwusilnikowy Dornier Do- 17. To z niego spadły pierwsze bomby, wywołując przerażenie wśród okolicznych mieszkańców. Tego feralnego dnia bomby spadały na miasto i wytwórnię jeszcze dwukrotnie, niszcząc infrastrukturę fabryczną i zabudowania cywilne.
Rozlokowana na lotnisku, słabo wyposażona obrona przeciwlotnicza nie mogła zatrzymać gradu niemieckich bomb. Dzieła zniszczenia fabryki dokonały kolejne bombardowania przeprowadzone 2, 3 oraz 11 września. Z rozległego kompleksu wytwórni ocalały jedynie: kotłownia, hangar klubu lotniczego, ślusarnia, nowa murowana hala, kasyno i bloki mieszkalne.
Nowy pas startowy
Bialskie lotnisko po działaniach wojennych kampanii wrześniowej było jedynie zwałem gruzów i zgliszczy. 25 września do miasta wkroczyła Armia Czerwona, zaś 9 października, zgodnie z postanowieniami paktu Ribbentrop – Mołotow, do Białej weszły pierwsze oddziały niemieckie. Nowi okupanci, z właściwą sobie systematycznością, przystąpili do porządkowania lotniska. W ocalałych obiektach dawnego PWS ulokowano prywatne niemieckie firmy zajmujące się m.in. naprawą i konserwacją samochodów cywilnych i wojskowych. Nie na długo jednak.
Podlasie ze względu na swoje położenie miało do odegrania ważną rolę zaplecza bazowego głównego uderzenia Niemców na Rosję sowiecką. Początkowo bialskie lotnisko pełniło funkcję roboczego zaplecza dla szkoły Luftwaffe w Dęblinie, jednak należało je przystosować do eksploatacji znacząco większej liczby samolotów, zwłaszcza ciężkich bombowców. Już wiosną 1940 r. rozpoczęto budowę niezbędnej infrastruktury, w tym nowego, betonowego pasa startowego o długo- ści ok. 1000 m. W czerwcu tego roku na przystosowane już lotnisko przybyły pierwsze samoloty jednostki szturmowej Sturzkampfgeschwader 77 (StG 77), której dowódcą był wówczas major Klemens von Schönborn-Wiesentheid.
Jednostka ta wchodziła w skład II Korpusu Powietrznego. W jej skład wchodził sztab oraz trzy grupy lotnicze. Dwie z nich (II i III) oraz sztab rozmieszczono na pobliskim lotnisku polowym w Woskrzenicach, zaś I Grupę w Białej Podlaskiej. Jednostka wykorzystywała głównie myśliwce Bf-110 oraz bombowce nurkujące typu Ju-87B (Bertha). Zakwaterowany w pobliskich domach i mieszkaniach niemiecki personel wojskowy i cywilny lotniska, odnosił się do miejscowej ludności neutralnie, bez wyraźnych aktów agresji. Znane są nawet fakty symbolicznej pomocy żywnościowej ze strony Niemców stacjonujących na bialskim lotnisku.
Lotnisko etapowe
Przełom czerwca i lipca 1941 roku, czyli dwa pierwsze tygodnie operacji Barbarossa (uderzenia na Rosję sowiecką) to dla bialskiego lotniska okres intensywnej eksploatacji. Później, w miarę przesuwania się frontu w głąb sowieckiej Rosji częstotliwość startów i lądowań malała. StG 77 opuściła bialskie lotnisko na początku lipca 1941 r. i przebazowała się na lotnisko w Prużanach.
Przez niemal dwu – i półroczny okres prowadzenia przez III Rzeszę kampanii na Wschodzie, bialskie lotnisko pełniło funkcję głównie lotniska etapowego, na którym samoloty lądowały w celu dokonania przeglądu lub zatankowania paliwa i dalej leciały na wschód.
W tym okresie przez lotnisko przewinęło się wiele związków taktycznych Lu waff e. Warto też wspomnieć, iż oprócz jednostek czysto bojowych znajdowała się tu duża liczba pododdziałów tyłowych: transportowych, remontowych oraz obrony przeciwlotniczej.
Zima 1942/1943 przyniosła zapowiedź klęski Niemiec. W bialskiej bazie lądowały samoloty transportujące na leczenie do Niemic wyniszczonych działaniami wojennymi, często ciężko rannych żołnierzy. Ofensywa Armii Czerwonej przyspieszała przesuwanie się frontu na zachód. Ruch na lotnisku ożywił się ponownie już wiosną 1944 r. Letnie miesiące przyniosły kilkakrotny wzrost ruchu na lotnisku, które całą dobę tętniło życiem.
W okresie od marca do końca lipca, w miarę zbliżania się linii frontu, stacjonowało tu kilka niemieckich eskadr lotniczych, które z biegiem czasu sukcesywnie wycofywały się w kierunku zachodnim. W ten sposób, w marcu 1944 roku przybyło tu kilka samolotów z 1. pododdziału Nahau lärungsgruppe 4, a 24 marca pojawiło się tu również kilkadziesiąt samolotów Ju-87 z I./SG 1. Na przełomie czerwca i lipca 1944 roku stacjonowała tu jednostka nocnych bombowców Nachtjagdgeschwader 100 (Stab I./NJG100, 1./NJG100 oraz 4./NJG100).
Na początku lipca, wobec bliskości frontu, Niemcy rozpoczęli planową akcję zaminowywania lotniska. Miało to uniemożliwić przyszłym użytkownikom jego eksploatację. Ładunki lotniczych bomb zapalających rozmieszczono wzdłuż pasa startowego, przy niektórych drogach komunikacyjnych, zabudowaniach mieszkalnych przy ul. Dokudowskiej, należących niegdyś do PWS, oraz w niektórych domach przy ul. Łomaskiej. Nie wiadomo dlaczego ostatecznie wysadzono tylko pas startowy i zabudowania infrastruktury lotniska (co ciekawe, ładunki zdetonowano przedwcześnie, bowiem znajdowały się tam jeszcze samoloty wraz z obsługą), oszczędzając domy cywilne. Spalono jednak drewniane baraki koszar położone od strony wsi Rudka. Niemcy zniszczyli także elektrownię miejską oraz koszary 34 pułku piechoty przy ul. Warszawskiej.
Zmiana okupanta
26 lipca 1944 r. do Białej znów wkroczyły oddziały sowieckie. Po pewnym czasie Rosjanie przystąpili do prac remontowych uszkodzonego przez Niemców pola wzlotów. Ekipy techniczno-remontowe zasypały leje po detonacjach i doprowadziły do stanu używalności budynki niezbędne dla funkcjonowania lotniska. Niebawem wylądowały tu sowieckie Ił-4, nale- żące do 109. Ryskiego Pułku Bombowego. Lotników zakwaterowano w pobliskich domach, m.in. przy ul. Okólnej. Znaleźli się wśród nich także dość egzotyczni goście: Azerowie, Kirgizi oraz przedstawiciele ludów syberyjskich. Poza maszynami typowo bojowymi, w Białej lądowały też samoloty sanitarne.
Przemieszczające się przez miasto oddziały 70. Armii 1. Frontu Białoruskiego, zorganizowały szpital polowy w kamienicy piekarza Kaczmarskiego przy ul. Łomaskiej. Aby usprawnić transport najciężej rannych, za budynkiem przygotowano oddzielne lądowisko dla samolotów sanitarnych. Tymczasem front posuwał się dalej na zachód. Po odlocie 109. Ryskiego Pułku Bombowego, bialskie lotnisko ponownie pełniło funkcję zaplecza technicznego.
Sowieci umieścili tu niewielki pododdział gospodarczy, którego zadanie polegało na ochronie obiektów i konserwacji pola wzlotów. Do maja 1945 nie odnotowano nad Białą większego ruchu lotniczego, aż do rozpoczęcia przegrupowywania wojsk, kiedy to lotnisko ponownie gościło znaczną liczbę samolotów transportowych, lą- dujących w celu zatankowania paliwa. Wreszcie obiekty lotniska przejęło Wojsko Polskie.
Nowe władze postanowiły, że bialskie lotnisko stanowić będzie bazę szkoleniową dla odradzającego się powoli polskiego lotnictwa wojskowego. Tym samym rozpoczęto nowy, trwający ponad 50 lat rozdział historii bialskiego lotniska.
