Parafię i kościół rzymskokatolicki zlikwidował carski generał – gubernator Paweł Kotzebue. Klasztor paulinów w Leśnej został zlikwidowany. Wiernych włączono do parafii w Huszlewie. Proboszcz parafii ks. Leon Przesmycki wywieziony został do Łukowa. Kościół przekształcono w cerkiew. Nastąpiła przebudowa upodabniająca obiekty sakralne do cerkwi. Oficjalne przekazanie kościoła prawosławnym nastąpiło na mocy decyzji samego cara Aleksandra II 30 kwietnia 1875 roku, a już 14 maja odbyło się pierwsze nabożeństwo prawosławne.
Początkowo istniała niewielka parafia z popem i psalmowczykiem. W roku 1885 z inicjatywy biskupa prawosławnego Leoncjusza mniszka Katarzyna, pochodząca z rodziny arystokratycznej Eugenia Jefimowska, założyła klasztor prawosławny nowego typu. Pierwotnie przybyło tu pięć zakonnic i dwie dziewczyny posłuszki. Z biegiem czasu liczba zakonnic zwiększała się, w 1909 r było ich prawie 700. Mniszki założyły również inne klasztory na ziemiach polskich, w Radecznicy czy Wirowie Fundusze na funkcjonowanie klasztoru pochodziły z darowizny państwowej w wysokości 2340 rubli rocznie. Ważnym elementem były również datki rosyjskiej arystokracji. Działalność klasztoru wspierała rodzina carska, a zwłaszcza caryca Anna Fiodorowna. W roku 1905 klasztor odwiedził sam car Mikołaj II.
Centrum prawosławia
Klasztor prowadził szereg inicjatyw społecznych i gospodarczych skierowanych do ludności prawosławnej. Był tu sierociniec, apteka, szpital, szkoła pedagogiczna dla dziewcząt, wyższa szkoła gospodarstwa wiejskiego (przy szkołach był internat) oraz ogród botaniczny. Klasztor posiadał początkowo 394 morgi ziemi (około 220 ha), ale wkrótce miał 1200 dziesięcin (ok. 1300 ha). Przy monastyrze istniała fabryka świec cerkiewnych i młyn. Plany dalszej rozbudowy klasztoru pokrzyżowała wojna. Wraz z nią w ramach tzw. „bieżeństwa” mniszki uciekły do Rosji, zabierając ze sobą oryginał obrazu, jak sądziły a faktycznie – jego kopię. Wcześniej bowiem, po Powstaniu rząd carski skasował diecezję podlaską. Ostatni biskup, Beniamin Szymański, potajemnie zabrał do Łomży Cudowny Obraz, pozostawiając w ołtarzu jego kopię, o czym – rzecz jasna – mniszki nigdy się nie dowiedziały.
Eksperyment innego propagowania prawosławia upadł. Symbolicznym końcem tego okresu w historii Leśnej jak i Podlasia było odprawienie przez ks. Henryka Cierpichałła, kapelana legionów, mszy świętej, w której uczestniczyli żołnierze brygady. Oryginał obrazu po odnalezieniu w 1926 roku w Łomży i ostatecznym potwierdzeniu autentyczności, powrócił do Leśnej w uroczystej procesji 26 sierpnia 1927 roku prowadzonej przez biskupa Henryka Przeździeckiego. Leśniańskie mniszki po rewolucji wyjechały do Królestwa Serbii, a stamtąd w 1967 r. do Francji, gdzie do czasów współczesnych istnieje Monaster Leśniańskiej Ikony Matki Bożej w Chavincourt – Provemont, a w nim kopia Cudownego Obrazu Matki Bożej Leśniańskiej. W 2010 roku Rosyjski Kościół Prawdziwie Prawosławny ogłosił Katarzynę (Eugenię Jefimowską) świętą.
Przełomowym wydarzeniem dla Leśnej i Podlasia było objawienie dwóm pastuszkom Aleksandrowi Stalmaszukowi i Mironowi Makarukowi Cudownego Obrazu Najświętszej Maryi Panny. Miało to miejsce w tzw. Okopach Krzyżackich 26 września 1683 roku. Obraz a właściwie płaskorzeźba na czerwonym kamieniu pojawiła się na rosnącej tam gruszy. Po przeprowadzeniu badań przez komisję kościelną powołaną z inicjatywy ówczesnego biskupa Łucko – Brzeskiego Stanisława Witwickiego zalecono spisywanie cudów oraz budowę w tym miejscu kościoła. W roku 1699 nastąpiło ponowne zbadanie przez komisję złożoną z teologów, prawników i przedstawicieli nauk przyrodniczych. Po roku decyzją biskupa łuckiego Franciszka Prażmowskiego wydano dekret aprobujący Obraz Matki Bożej Leśniańskiej. W 1727 r. kościół i parafia zostały przekazane częstochowskim paulinom.
